1292 gelangten die Habsburger durch einen Handstreich in den Besitz der Aebtestadt und liessen sie in Flammen aufgehen. Die Wiler mussten nach Schwarzenbach übersiedeln. In einem gütlichen Vergleich von 1301 wurde aber Wil dem Kloster St. Gallen zurückgegeben und Schwarzenbach geschleift. Von diesem Zeitpunkt an blieb Wil unbestrittenes Eigentum der Aebte mit Ausnahme zweier Jahre, als 1407 die siegreichen Appenzeller Einlass begehrten.
Als das Kloster 1451 ein Schirmbündnis mit den Orten Zürich, Luzern, Glarus und Schwyz einging, wurde Wil Sitz der eidgenössischen Amtmänner. Unter Fürstabt Ulrich Rösch (1463-l491) erfuhr die Stadt dank zusätzlicher Wochenmärkte einen wirtschaftlichen Aufschwung. Die eingedrungene Reformation wurde nach dem Sieg der katholischen Orte bei Kappel 1531, wieder rückgängig gemacht. Die äbtische Herrschaft ging erst 1798 zu Ende, als die alte Eidgenossenschaft zusammenbrach und sich das Fürstenland unabhängig erklärte.

Wil wurde im helvetischen Kanton Säntis und im 1803 gegründeten Kanton St. Gallen eine selbständige Gemeinde und ist seit 1831 Bezirkshauptort.